PCR仪种类总体可分为两大类：PCR扩增仪和实时荧光定量PCR仪，普通的PCR扩增仪又衍生出带梯度PCR功能的梯度PCR仪、和带原位扩增功能的原位PCR仪等等。PCR技术现在已成为现代分子生物学实验工作的基础技术和有效工具，在医学、农业、检验检疫等领域中使用十分广泛。PCR仪经过不断改进，已经越来越完善和智能化，分类也更加细化，但厂家一般自行命名型号，技术指标的参数也不统一，给用户的选择带来了麻烦。
从PCR原理可以看出，PCR仪的关键是升降温的步骤。经过不断改进，今天的PCR已经越来越完善和智能化。出于市场推广的战略需要，各厂家的PCR仪型号不同，着力宣传的技术指标和参数也不尽统一，对于带梯度功能的PCR仪，需要考虑梯度模式下不同梯度管排间的温度均匀性和准确性，还必须考虑仪器在梯度模式和标准模式下是否具有同样的温度特性。这种差异可能导致在梯度模式下得出的z佳条件与标准模式下单独做的结果出现差异。
由于PCR仪需借助样本和标准品之间的对比来实现定量的，对于PCR系统来说，重要的参数除了传统PCR的温控精确性、升降温速度等等，更重要的还在于样品孔之间的均一性，以避免微小的差别被指数级放大。
至于荧光检测系统，多色多通道检测是当今的主流趋势。仪器的激发通道越多，仪器适用的荧光素种类越多，仪器适用范围就越宽；多通道指可同时检测一个样品中的多种荧光，仪器就可以同时检测单管内多模版或者内标+样品，通道越多，仪器适用范围越宽、性能就更强大。
PCR仪需考虑的另外一个因素是软件设计，这一点目前较新型号的仪器都有不错的配套软件可以满足常规使用。随着PCR技术在临床诊断、疾病监控、药物监测、肿瘤研究等领域的越来越广泛的应用，市面上不同品牌和设计的PCR仪也不断推陈出新。
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