内切酶一般从微生物中获取，限制性核酸内切酶的作用实际就是限制酶降解外源DNA，维护宿主遗传稳定的保护机制。自身DNA没有被分解的原因是通过自身DNA甲基化，甲基化是常见的修饰作用，可使腺嘌呤A和胞嘧啶C甲基化而受到保护，即让它们在甲基转移酶的作用下，与甲基发生共价结合。通过甲基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。
限制性核酸内切酶识别序列的结构情况：
根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第①型（Type I）、第②型（TypeⅡ）及第③型（TypeⅢ）。
Type I：
同时具有修饰及识别切割的作用；另有识别DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位距离识别位可达数千个碱基之远。
TypeⅡ：
Ⅱ类中的限制性内切酶在分子克隆中得到了广泛应用，它们是重组DNA的基础。
只具有识别切割的作用，修饰作用由其他酶进行。所识别的位置多为短的回文序列；所剪切的碱基序列通常即为所识别的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。
Ⅱ类酶切割位点在识别序列中，有的在对称轴处切割，产生平末端的DNA片段；有的切割位点在对称轴一侧，产生带有单链突出末端的DNA片段称粘性末端，如EcoRⅠ切割识别序列后产生两个互补的粘性末端。
TypeⅢ：
与一型限制酶类似，同时具有修饰及识别切割的作用。可识别短的不对称序列，切割位与识别序列约距24-26个碱基对。
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