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由荧光定量系统和计算机组成，用来监测循环过程的荧光。与实时设备相连的计算机收集荧光数据。数据通过开发的实时分析软件以图表的形式显示。原始数据被绘制成荧光强度相对于循环数的图表。原始数据收集后可以开始分析。荧光定量PCR仪的软件能使收集到的数据进行正常化处理来弥补背景荧光的差异。正常化后可以设定域值水平，这就是分析荧光数据的水平。
PCR扩增原理是在PCR扩增时加入的引物是利用同位素、荧光素等进行标记，使用引物和荧光探针同时与模板特异性结合扩增。扩增的结果通过荧光信号采集系统实时采集信号连接输送到计算机分析处理系统得出量化的实时结果输出。
PCR仪的相关维修经验如下：
1.热盖问题
当发现上面的旋转轮可以转动但是盖子不往下动，这时候只听到“咔咔”的声音。这个时候你看下顶盖旋转轮顶盖在2个小的螺钉之间有一个黄颜色的类似螺钉样的小按钮，你用圆珠笔等笔尖用力按住这个钮，反时针转动旋转轮，这时候你就会发现问题解决了。
2.仪器使用久了温度降到一定时不降了而到不了所设定的温度值。这时把PCR侧翻，在仪器的底部通风网格部分，是否有大量的灰尘，用小毛刷清洁下，问题就可以解决了。
3.用了几年发现样品出来的结果很不好，这时就需要你观察下block的温度了，看是否有很大的漂移了，如是则block需要校准温度了。
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