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可用于医疗、新药研发、诊断检验试剂研发等领域。在医疗上具体可用于病原体检测；产前诊断以防止各类遗传性疾病的发生；药物疗效考核，例如对乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)定量分析显示，病毒量与某些药物的疗效关系；肿瘤基因检测等等。
在新药开发研究中，实时荧光定量PCR技术可以快速、准确、定量、灵敏地测定血液或组织中病原体的含量，因此有利用分析药物的作用效果，为比较不同的配方的疗效、用药量、用药时间等等提供快速、定量的评价。
在新诊断及检验试剂的开发中，现有的很多诊断及检验方法都不能同时满足快速、灵敏、定量的要求，而荧光定量PCR方法可以做到这一点，从而可为临床疾病、商检、粮油检验、食品检验、血液检验等等开发新的试剂，从而提高检验的灵敏度、速度及准确性等；这类试剂的种类是非常多的，所开发的试剂的社会效益及经济效益都是很巨大的。
荧光定量PCR检测是反映被检标本中病毒DNA/RNA存在的多少，结果通常用数字表示（即X×10 n copies/ml），定量检测结果主要是对抗病毒治疗疗效提供检测和参考。
HBV DNA、HCV RNA的定量单位在报告单上通常用“copies/ml”表示每毫升的血清或血浆中病毒基因组的个数，该数据越大，表明病毒在人体内的复制越活跃。例如“HBV DNA=4.3×10 3 copies/ml”代表每毫升血清中有4300个乙肝病毒。判断血清或血浆中病毒含量主要看上式中的“10 n”，n越大，表示含量越高。治疗过程中，n变小说明病毒的复制得到控制，治疗有效。通常如果病毒含量下降至n＜3，说明病毒基本得到控制；如果病毒含量降至“0”，则说明病毒在血清或血浆中不存在，病毒的复制已经被抑制。
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